ВЫРОЖДЕННЫЕ ИНВЕРТИРОВАННЫЕ ПОВТОРЫ В ГЕНОМАХ МИКОБАКТЕРИЙ

  • Семён Александрович Королёв Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН
  • Константин Юрьевич Горбунов Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН
  • Олег Анатольевич Зверков Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН
  • Александр Владиславович Селиверстов Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН
  • Василий Александрович Любецкий Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН

Abstract

В статье обсуждается частота инвертированных повторов на ДНК в зависимости от их длины, числа несовпадений и положения относительно кодирующих областей.

Author Biographies

Семён Александрович Королёв, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН

лаборатория № 6

Константин Юрьевич Горбунов, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН

кандидат физико-математических наук, лаборатория № 6 

Олег Анатольевич Зверков, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН

кандидат физико-математических наук, лаборатория № 6 

Александр Владиславович Селиверстов, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН

кандидат физико-математических наук, лаборатория № 6 

Василий Александрович Любецкий, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН

заведующий лабораторией № 6, доктор физико-математических наук

References

1. Левенштейн В.И. Двоичные коды с исправлением выпадений, вставок и замещений символов // Доклады Академий Наук СCCP. — 1965. —Т. 163, № 4. — С. 845–848.
2. Levenshtein distance. URL:https://en.wikibooks.org/wiki/Algorithm_Implementation/Strings/Levenshtein_distance
3. Wagner R.A., Fischer M.J. The string-to-string correction problem // J. ACM. — 1974. —V. 21, no. 1. — P. 168–173.
4. Лопатовская К.В., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Аттенюаторная регуляция оперонов биосинтеза аминокислот и аминоацил-тРНК у бактерий: сравнительный геномный анализ // Молекулярная биология. — 2010. — Т. 44, № 1. — С. 140–151.
5. Любецкая Е.В., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. У актинобактерий число длинных шпилек в межгенных трейлерных областях велико по сравнению с другими областями генома // Молекулярная биология. — 2007. — Т. 41, № 4. — С. 739–742.
6. Lyubetsky V.A., Pirogov S.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. — 2007. — V. 5, no. 1. — P. 155–180.
7. Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Механизм регуляции транспорта марганца у Brucella с участием длинной спирали РНК // Биофизика. – 2009. – Т. 54, № 2. – С. 222–225.
8. Seliverstov A.V., Putzer H., Gelfand M.S., Lyubetsky V.A. Comparative analysis of RNA regulatory elements of amino acid metabolism genes in Actinobacteria // BMC Microbiology. — 2005. — V. 5, no. 54, 14 pages. DOI: 10.1186/1471-2180-5-54.
9. Grundy F.J., Henkin T.M. The S box regulon: a new global transcription termination control system for methionine and cysteine biosynthesis genes in Gram-positive bacteria. // Mol Microbiol. — 1998. — V. 30, no. 4. — P. 737–749.
10. Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Pirogov S.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates // Biology Direct. — 2012. — V. 7, no. 26. DOI: 10.1186/1745-6150-7-26.
11. Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level // Biology Direct. — 2011. — V. 6, no. 3. DOI: 10.1186/1745-6150-6-3.
12. Lyubetsky V.A., Gershgorin R.A., Seliverstov A.V., Gorbunov K.Yu. Algorithms for reconstruction of chromosomal structures // BMC Bioinformatics. — 2016. — V. 17, no. 40, 23 pages. DOI: 10.1186/s12859-016-0878-z.
Published
2016-11-25
How to Cite
КОРОЛЁВ, Семён Александрович et al. ВЫРОЖДЕННЫЕ ИНВЕРТИРОВАННЫЕ ПОВТОРЫ В ГЕНОМАХ МИКОБАКТЕРИЙ. Modern Information Technologies and IT-Education, [S.l.], v. 12, n. 1, p. 182-187, nov. 2016. ISSN 2411-1473. Available at: <http://sitito.cs.msu.ru/index.php/SITITO/article/view/26>. Date accessed: 09 nov. 2025.
Citation Formats
Issue
Vol 12 No 1 (2016): Современные информационные технологии и ИТ-образование
Section
Big Data and applications
Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Publication policy of the journal is based on traditional ethical principles of the Russian scientific periodicals and is built in terms of ethical norms of editors and publishers work stated in Code of Conduct and Best Practice Guidelines for Journal Editors and Code of Conduct for Journal Publishers, developed by the Committee on Publication Ethics (COPE). In the course of publishing editorial board of the journal is led by international rules for copyright protection, statutory regulations of the Russian Federation as well as international standards of publishing. 
Authors publishing articles in this journal agree to the following: They retain copyright and grant the journal right of first publication of the work, which is automatically licensed under the Creative Commons Attribution License (CC BY license). Users can use, reuse and build upon the material published in this journal provided that such uses are fully attributed.