ВЫРОЖДЕННЫЕ ИНВЕРТИРОВАННЫЕ ПОВТОРЫ В ГЕНОМАХ МИКОБАКТЕРИЙ
Аннотация
В статье обсуждается частота инвертированных повторов на ДНК в зависимости от их длины, числа несовпадений и положения относительно кодирующих областей.
Литература
2. Levenshtein distance. URL:https://en.wikibooks.org/wiki/Algorithm_Implementation/Strings/Levenshtein_distance
3. Wagner R.A., Fischer M.J. The string-to-string correction problem // J. ACM. — 1974. —V. 21, no. 1. — P. 168–173.
4. Лопатовская К.В., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Аттенюаторная регуляция оперонов биосинтеза аминокислот и аминоацил-тРНК у бактерий: сравнительный геномный анализ // Молекулярная биология. — 2010. — Т. 44, № 1. — С. 140–151.
5. Любецкая Е.В., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. У актинобактерий число длинных шпилек в межгенных трейлерных областях велико по сравнению с другими областями генома // Молекулярная биология. — 2007. — Т. 41, № 4. — С. 739–742.
6. Lyubetsky V.A., Pirogov S.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. — 2007. — V. 5, no. 1. — P. 155–180.
7. Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Механизм регуляции транспорта марганца у Brucella с участием длинной спирали РНК // Биофизика. – 2009. – Т. 54, № 2. – С. 222–225.
8. Seliverstov A.V., Putzer H., Gelfand M.S., Lyubetsky V.A. Comparative analysis of RNA regulatory elements of amino acid metabolism genes in Actinobacteria // BMC Microbiology. — 2005. — V. 5, no. 54, 14 pages. DOI: 10.1186/1471-2180-5-54.
9. Grundy F.J., Henkin T.M. The S box regulon: a new global transcription termination control system for methionine and cysteine biosynthesis genes in Gram-positive bacteria. // Mol Microbiol. — 1998. — V. 30, no. 4. — P. 737–749.
10. Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Pirogov S.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates // Biology Direct. — 2012. — V. 7, no. 26. DOI: 10.1186/1745-6150-7-26.
11. Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level // Biology Direct. — 2011. — V. 6, no. 3. DOI: 10.1186/1745-6150-6-3.
12. Lyubetsky V.A., Gershgorin R.A., Seliverstov A.V., Gorbunov K.Yu. Algorithms for reconstruction of chromosomal structures // BMC Bioinformatics. — 2016. — V. 17, no. 40, 23 pages. DOI: 10.1186/s12859-016-0878-z.
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.
Редакционная политика журнала основывается на традиционных этических принципах российской научной периодики и строится с учетом этических норм работы редакторов и издателей, закрепленных в Кодексе поведения и руководящих принципах наилучшей практики для редактора журнала (Code of Conduct and Best Practice Guidelines for Journal Editors) и Кодексе поведения для издателя журнала (Code of Conduct for Journal Publishers), разработанных Комитетом по публикационной этике - Committee on Publication Ethics (COPE). В процессе издательской деятельности редколлегия журнала руководствуется международными правилами охраны авторского права, нормами действующего законодательства РФ, международными издательскими стандартами и обязательной ссылке на первоисточник.
Журнал позволяет авторам сохранять авторское право без ограничений. Журнал позволяет авторам сохранить права на публикацию без ограничений.
Издательская политика в области авторского права и архивирования определяются «зеленым цветом» в базе данных SHERPA/RoMEO.
Все статьи распространяются на условиях лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная, которая позволяет другим использовать, распространять, дополнять эту работу с обязательной ссылкой на оригинальную работу и публикацию в этом журналe.
