ВЫСОКО КОНСЕРВАТИВНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ В МИТОХОНДРИЯХ ОДНОДОЛЬНЫХ РАСТЕНИЙ

  • Лев Израилевич Рубанов Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук
  • Олег Анатольевич Зверков Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук
  • Александр Владиславович Селиверстов Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук
  • Василий Александрович Любецкий Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук

Аннотация

Статья нацелена на поиск высоко консервативных элементов в геномах митохондрий однодольных растений. Полученные результаты о распределении ВКЭ хорошо согласуются с общепринятым деревом видов класса однодольных растений.

Сведения об авторах

Лев Израилевич Рубанов, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук

кандидат технических наук, старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник, лаборатория №2

Олег Анатольевич Зверков, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук

кандидат физико-математических наук, старший научный сотрудник, лаборатория №6

Александр Владиславович Селиверстов, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук

кандидат физико-математических наук,  ведущий научный сотрудник, лаборатория №6

Василий Александрович Любецкий, Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук

доктор физико-математических наук, профессор, заведующий лабораторией №6

Литература

1. Гармаш Е.В. Митохондриальное дыхание фотосинтезирующей клетки // Физиология растений. 2016. Т. 63, № 1. С.17–30.
2. de Graaf R.M., Ricard G., van Alen T.A., Duarte I., Dutilh B.E., Burgtorf C., Kuiper J.W., van der Staay G.W., Tielens A.G., Huynen M.A., Hackstein J.H. The organellar genome and metabolic potential of the hydrogen-producing mitochondrion of Nyctotherus ovalis // Mol. Biol. Evol. 2011. V. 28, no. 8. P. 2379–2391. DOI: 10.1093/molbev/msr059
3. Rubanov L.I., Seliverstov A.V., Zverkov O.A., Lyubetsky V.A. A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata. BMC Bioinformatics. 2016 17:385 DOI 10.1186/s12859-016-1257-5
4. Ильев В.П., Ильева С.Д., Навроцкая А.А. О задаче кластеризации графа с ограничением на размеры кластеров //Дискретный анализ и исследование операций. 2016. Т. 23, № 3. С. 5–20. DOI: 10.17377/daio.2016.23.521
5. Van Dongen S. Graph clustering via a discrete uncoupling process // SIAM J. Matrix Anal. Appl. 2008. V. 30, №1.P.121–141.DOI:10.1137/040608635
6. Stamatakis A. RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies // Bioinformatics. 2014. V. 30, no. 9. P. 1312–1313. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu033
7. Селиверстов А.В., Лысенко Е.А., Любецкий В.А. Быстрая эволюция промоторов пластомных генов ndhF у цветковых растений //Физиология растений. 2009. Т. 56, № 6. С. 926–934.
8. Lyubetsky V.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta// Biology Direct. 2010. V. 5, no. 34. DOI: 10.1186/1745-6150-5-34
9. Bailey T.L., Bodén M., Buske F.A., Frith M., Grant C.E., Clementi L., Ren J., Li W.W., Noble W.S., MEME SUITE: tools for motif discovery and searching // Nucleic Acids Research. 2009. V. 37. P. W202-W208.
10. Nawrocki E.P., Burge S.W., Bateman A., Daub J., Eberhardt R.Y., Eddy S.R., Floden E.W., Gardner P.P., Jones T.A., Tate J., Finn R.D. Rfam 12.0: updates to the RNA families database // Nucleic Acids Research. 2015. V. 43, no. D1. P. D130–D137. DOI:10.1093/nar/gku1063
11. Рубанов Л.И. О распараллеливании неоднородных циклов на суперкомпьютерах с распределённой памятью // Информационные процессы. 2013. Т. 13, № 4. С. 295–305.
Опубликована
2016-11-25
Как цитировать
РУБАНОВ, Лев Израилевич et al. ВЫСОКО КОНСЕРВАТИВНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ В МИТОХОНДРИЯХ ОДНОДОЛЬНЫХ РАСТЕНИЙ. Международный научный журнал «Современные информационные технологии и ИТ-образование», [S.l.], v. 12, n. 2, p. 211-215, nov. 2016. ISSN 2411-1473. Доступно на: <http://sitito.cs.msu.ru/index.php/SITITO/article/view/87>. Дата доступа: 22 jan. 2022